L'Isola del Giglio fa parte dell'Arcipelago Toscano. Il territorio comunale comprende anche l'Isola di Giannutri, situata alcuni chilometri a Sud-Est.
A margine dell'abitato di Giglio Porto, leggermente al di sotto del livello del mare, si trovano i resti della villa romana dei Domizi Enobarbi.
Molto importante è la Rocca aldobrandesca, situata a Giglio Castello, che fu costruita dai Pisani e ulteriormente fortificata dagli Aldobrandeschi.
L'isola deve il suo nome, sin dall'Antichità classica, alla presenza di capre, in greco Aigylion con la successiva trasformazione latina Igilium che nel Medioevo diventò Gilio.
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